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化學(xué)所JACS 理論計算預(yù)測雙鐵加氧酶含氧活性中間體結(jié)構(gòu)研究

來源:中科院化學(xué)所       2017-10-13
導(dǎo)讀:自然界生物體中廣泛存在一類活性中心含有兩個鐵原子的雙鐵加氧酶。研究雙鐵加氧酶含氧活性中間體的結(jié)構(gòu),對揭示其活化O2的機制非常關(guān)鍵。然而,由于含氧活性中間體的活性高/不穩(wěn)定,用傳統(tǒng)的X-ray單晶衍射方法獲取其結(jié)構(gòu)非常困難,通過理論化學(xué)預(yù)測雙鐵加氧酶含氧活性中間體的結(jié)構(gòu),成為當前該領(lǐng)域的重要研究前沿。


  計算得到的cADO含氧活性中間體結(jié)構(gòu)及其57Fe穆斯堡爾譜參數(shù) 

在中科院化學(xué)所理論計算化學(xué)平臺項目和國家自然科學(xué)基金委的支持下,化學(xué)所光化學(xué)院重點實驗室的科研人員在理論計算預(yù)測雙鐵加氧酶含氧活性中間體結(jié)構(gòu)研究方面取得系列進展。在前期工作中,針對藍藻醛去甲酰化加氧酶(cADO),科研人員對其含氧活性中間體結(jié)構(gòu)、57Fe穆斯堡爾譜參數(shù)、底物氧化機理等,開展了多尺度QM/MM(混合量子力學(xué)/分子力學(xué))理論計算模擬研究,證實了其中間體結(jié)構(gòu)是O2與醛底物形成的過氧半縮醛結(jié)構(gòu)(圖1),而不是以往通常認為的過氧化物結(jié)構(gòu)。

研究還發(fā)現(xiàn),O2、醛底物、對稱雙鐵中心三者間的相互作用,具有左右不對稱性,在含氧活性中間體形成時,作為雙鐵配體的一個組氨酸殘基會罕見地從雙鐵中心解離。該工作也顯示QM/MM水平的57Fe穆斯堡爾譜模擬,在雙鐵加氧酶含氧活性中間體預(yù)測方面具有應(yīng)用潛力。相關(guān)結(jié)果發(fā)表在J. Phys. Chem. Lett. 2016, 7, 4427-4432。

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 最近,針對目前僅有的兩種雙鐵芳胺加氧酶AurF和CmlI,利用多尺度QM/MM模擬結(jié)合57Fe穆斯堡爾譜模擬,科研人員首次提出了這兩種酶含氧活性中間體P具有類似的結(jié)構(gòu)。研究發(fā)現(xiàn):

(1)AurF和CmlI的含氧活性中間體P都具有μ-η0:η2型O2配位的雙三價鐵氫過氧化物((FeIII)2-hydroperoxo)結(jié)構(gòu);

(2)預(yù)測的雙三價鐵氫過氧化物結(jié)構(gòu)P可以有效介導(dǎo)芳胺基到亞硝基,再到硝基的芳胺氮氧化過程,其中涉及胺基孤對電子的電子耦合質(zhì)子轉(zhuǎn)移(PCET)過程對胺基N-H鍵斷裂起重要作用;

(3)理論計算預(yù)測的雙三價鐵氫過氧化物的μ-η0:η2型O2配位結(jié)構(gòu)可以解釋很多雙鐵芳胺加氧酶實驗研究中的難題,如AurF和CmlI不同的57Fe穆斯堡爾譜參數(shù),含氧活性中間體P相對較低的O-O振動頻率、含氧活性中間體P的親電/親核雙親反應(yīng)性、以及其C-H活化的反應(yīng)惰性。

科研人員預(yù)言的雙鐵芳胺加氧酶AurF和CmlI含氧活性中間體P的結(jié)構(gòu)類似性,為統(tǒng)一它們的酶催化反應(yīng)機理提供了基礎(chǔ)。相關(guān)結(jié)果發(fā)表在J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 13038-13046。 

 理論計算預(yù)測得到的雙鐵芳胺加氧酶AurF和CmlI的含氧活性中間體結(jié)構(gòu) 


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