Figure 1. Lipstatin逆合成分析(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)
KAS-III是典型的同源二聚體,可以催化各種基于硫酯的反應(yīng)。最常見的KAS-III(如FabH in Escherichia coli),通常催化的是乙酰-CoA與丙二酰-ACP之間的脫羧形式的Claisen縮合(Figure 2)。
Figure 2. FabH催化的脫羧縮合反應(yīng)(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)
最近報(bào)道了一些另一種類型KAS-III,可以催化非脫羧形式的縮合反應(yīng)。目前報(bào)導(dǎo)的這兩種(脫羧、非脫羧)KAS-III均是以同源二聚體的形式來催化反應(yīng)。本文作者在Lipstatin生物合成中,發(fā)現(xiàn)了另一種全新的KAS-III:LstA、LstB以異源二聚體的形式來催化縮合反應(yīng),LstA、LstB共同催化C8與C14乙酰-CoA發(fā)生非脫羧形式的縮合,形成C22的脂肪骨架(Figure 3)。
Figure 3. LstA、LstB共同催化縮合反應(yīng) (圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)
LstA、LstB以異源二聚體形式存在的發(fā)現(xiàn):作者單獨(dú)表達(dá)LstA、LstB均無法獲得可溶性蛋白,但是共表達(dá),卻能夠獲得可溶性蛋白。因此作者推測LstAB可能存在相互作用,經(jīng)過多角度光散射(multiangle light scattering,MALS)分析確認(rèn)這兩個(gè)蛋白的確通過非共價(jià)連接的方式形成了異源二聚體。
LstAB催化非脫羧縮合的驗(yàn)證:C22長鏈骨架的構(gòu)建,推測是C9長鏈與C14乙酰-CoA以脫羧的方式縮合,但實(shí)驗(yàn)表明化何物1-CoA對(duì)于構(gòu)建C22長鏈骨架是必須的,而且體內(nèi)敲除負(fù)責(zé)催化脫羧縮合的酶Acyl-CoA carboxylase (ACCase),Lipstatin的產(chǎn)率降低了80%,而且中間體2(Figure 1)也有所積累,但是隨后的同位素標(biāo)記實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),相比于化合物2 ,化合物3整合到Lipstatin中的量很低,因此作者推測化合物2很有可能不是縮合反應(yīng)的直接前體。不要用紅色突出,微信中編輯后都看不出來了,要突出可以加粗
隨后作者合成了2-CoA,5-CoA,其中5-CoA可以在AntE的催化下轉(zhuǎn)化成3-CoA(Figure 5B,ⅠⅡ),如果同時(shí)加入AntE,LstAB,最終可以檢測到化合物6(major)以及7(Figure 5B,Ⅳ)。隨后作者以1-CoA與2-CoA為底物,在LstAB催化下測活,僅檢測到了化合物6。基于以上實(shí)驗(yàn)結(jié)果,作者推測了以下可能的過程,LstAB可以催化化合物1-CoA及5-CoA與2-CoA發(fā)生非脫羧的縮合反應(yīng),其中 1-CoA與2-CoA為LstAB主要催化的的反應(yīng),化合物6及7可能是化合物4和8不穩(wěn)定,發(fā)生脫羧的產(chǎn)物(Figure 4)。
Figure 4. LstAB體外測活及HPLC檢測結(jié)果(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)
不穩(wěn)定中間體4的追蹤:作者在進(jìn)行LstAB催化1-CoA與2-CoA縮合反應(yīng)的時(shí)間梯度實(shí)驗(yàn)中,檢測到了兩個(gè)化合物4-Ⅰ,4-Ⅱ(Figure 5A),且兩個(gè)化合物不穩(wěn)定,在30 min時(shí)產(chǎn)量達(dá)到最大值,隨后可能發(fā)生了降解,作者認(rèn)為最有可能是化合物6未發(fā)生脫羧的前體。原本推測為1- CoA與2- CoA以兩種不同方式縮合產(chǎn)生的中間體4, 4’(Figure 5B, route a, route b)。但是化合物 4’ 與Lipstatin中C22長鏈骨架不符,因此推測這兩個(gè)峰最有可能是化合物4的異構(gòu)體,經(jīng)過串聯(lián)質(zhì)譜解析,4-Ⅰ,4-Ⅱ的裂解方式是一致的,與作者的推測相符。
Figure 5. A)LstAB催化1-CoA與2-CoA的縮合反應(yīng)的時(shí)間梯度實(shí)驗(yàn) B)1-CoA與2-CoA兩種可能的縮合方式(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)
識(shí)別LstAB的催化殘基:作者將LstAB與之前已經(jīng)報(bào)導(dǎo)過的KAS-III-FabH進(jìn)行序列比較,發(fā)現(xiàn)LstA中包含保守的催化三聯(lián)體Cys128α, His271α, Asn305α。作者將LstA中的催化三聯(lián)體分別進(jìn)行了突變,其中LstAN305ALstB無法獲得可溶性蛋白,因此推測Asn305α在LstALstB復(fù)合物中起著結(jié)構(gòu)性作用。LstAC128ALstB,LstAH271ALstB失去了其原本的催化活性(Figure 6),作者認(rèn)為,Cys128α很有可能負(fù)責(zé)與C8的共價(jià)連接。催化非脫羧KAS-III蛋白中均有一個(gè)保守的Glu殘基來進(jìn)行α-C的去質(zhì)子化,作者以此為參考,將LstAB中的相應(yīng)Glu進(jìn)行了突變,發(fā)現(xiàn)LstABE60A失去了催化活性(Figure 6),因此推測LstB的Glu60β可能行使α-C的去質(zhì)子化的功能。
Figure 6. LstAB突變體測活結(jié)果(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)
LstAB進(jìn)化系統(tǒng)分析:作者利用生物信息學(xué)手段對(duì)lstAB進(jìn)行了分析,lstA和lstB為什么斜體 同源基因廣泛分布于各類細(xì)菌基因組中,這些發(fā)現(xiàn)表明LstAB這種以異源二聚體的形式催化非脫羧縮合的方式廣泛存在于與Lipstatin類似的天然產(chǎn)物生物合成中。
基于以上研究,LstAB的催化機(jī)理總結(jié)如下:LstA的Cys128α與C8長鏈反應(yīng)形成C8 acyl-Cys128α LstAB中間體,LstB的Glu60β進(jìn)行去質(zhì)子化引發(fā)后續(xù)的親核加成反應(yīng)(Figure 7)。
Figure 7. 可能的LstAB催化機(jī)理(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)
小結(jié):上海有機(jī)所劉文課題組發(fā)現(xiàn)了在減肥藥前體Lipstatin的生物合成路徑中存在一種新型的KAS-III,以獨(dú)特的異源二聚體的形式催化非脫羧的縮合反應(yīng),并對(duì)其催化機(jī)理進(jìn)行了詳細(xì)研究。這些發(fā)現(xiàn)對(duì)于Lipstatin類似物的生物合成研究有十分重要的指導(dǎo)意義。
撰稿人:超級(jí)瑪麗
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