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AI一秒提取化學(xué)結(jié)構(gòu)！省100倍時間的化學(xué)繪圖神器StoneMIND Collector

來源：望石智慧      2021-11-30
導(dǎo)讀：選中任意文件中的化學(xué)結(jié)構(gòu)后截圖，短短1秒就可以識別成計算機可編輯格式的結(jié)構(gòu)文件。前幾天實驗室Boss推薦給我們這款極速提取化學(xué)結(jié)構(gòu)軟件【StoneMIND Collector】（下文簡稱Collector），在深度使用兩周之后，感覺Collector真的是太好用了，而且還免費??！不敢獨享，特分享給大家。下
化學(xué)領(lǐng)域“畫結(jié)構(gòu)式”這件事情，會耗費我們大量的工作時間，而且很容易畫錯。ChemDraw憑借強大繪圖功能已成為化學(xué)人首選結(jié)構(gòu)繪制軟件，然而人類的本質(zhì)是“懶惰”，AI技術(shù)的高速發(fā)展使一個圖片式的化學(xué)結(jié)構(gòu)or一個化學(xué)名稱，瞬間轉(zhuǎn)變?yōu)橐粋€可編輯、多重方式輸出的可用結(jié)構(gòu)成為實現(xiàn)。利用AI軟件不僅能上百倍節(jié)省我們繪制化學(xué)結(jié)構(gòu)時間，還能提升專業(yè)技能。
前幾天實驗室Boss推薦給我們這款極速提取化學(xué)結(jié)構(gòu)軟件【StoneMIND Collector】（下文簡稱Collector），在深度使用兩周之后，感覺Collector真的是太好用了，而且還免費??！不敢獨享，特分享給大家。下載方式請查看文末鏈接。



推薦等級：★ ★ ★ ★ ★ 


使用方便+高準確度識別各類化學(xué)結(jié)構(gòu)

選中任意文件中的化學(xué)結(jié)構(gòu)后截圖，短短1秒就可以識別成計算機可編輯格式的結(jié)構(gòu)文件。例如我們看到某篇專利或者文獻中想摘錄下來變成可編輯的化學(xué)結(jié)構(gòu)，用Collector一鍵截圖即可省去繁瑣易出錯的繪制過程！！！以摘抄下方這個結(jié)構(gòu)相對復(fù)雜的天然產(chǎn)物為例，如復(fù)制到PubChem數(shù)據(jù)庫的搜索框中，來獲得該分子的理化性質(zhì)、生物活性等信息；識別準確度很不錯，瞬間給出清晰漂亮的化學(xué)結(jié)構(gòu)，超贊~
Collector可將識別的分子結(jié)構(gòu)一鍵復(fù)制為SMILES/MOL格式，如復(fù)制到PubChem數(shù)據(jù)庫的搜索框中，來獲得該分子的理化性質(zhì)、生物活性等信息；也可直接下載分子結(jié)構(gòu)為SDF格式，方便之后的使用。


微信圖片_20211130111935.gif




批量提取2000個結(jié)構(gòu)僅需30分鐘！


面對有許多化學(xué)結(jié)構(gòu)需要識別的情況，一次性識別多個結(jié)構(gòu)是非常有必要的。使用Collector網(wǎng)頁版來進行專利或文獻中化學(xué)結(jié)構(gòu)的批量提取，只需上傳.pdf文件格式或.jpg、.png圖片格式文件即可批量提取，專利的批量提取也可直接輸入專利號檢索提取，提取方法包括支持OCSR（化學(xué)結(jié)構(gòu)識別）和 IUPAC（標準化學(xué)名稱識別）兩種技術(shù)。目前Collector批量提取任務(wù)（1個任務(wù)對應(yīng)1個pdf/jpg/png格式的文件）提交后后臺會自動提取，待任務(wù)結(jié)束再查看和下載提取結(jié)構(gòu)即可。


微信圖片_20211130111940.gif



其他超贊功能

在實際的應(yīng)用中，化學(xué)結(jié)構(gòu)的識別往往只是一個開始，思考和發(fā)展有利于后續(xù)科學(xué)研究的功能十分必要。如對于藥物設(shè)計學(xué)家來說，化學(xué)分子的理化性質(zhì)分析及結(jié)構(gòu)的優(yōu)化功能或許很有用。當然，拋去核心需求的功能更多的是錦上添花，作為化學(xué)結(jié)構(gòu)提取的軟件，首先應(yīng)該保證的是快捷性和準確性。筆者看過一些對比數(shù)據(jù)文章，Collector識別準確度在同類型產(chǎn)品中已處于領(lǐng)先水平，強烈推薦大家使用。
Collector在完成圖片抓取后，通過“收藏”選項，可以將結(jié)構(gòu)進行歷史保存。重點來了?。?！通過打開左側(cè)工具欄的“收藏夾”，會跳轉(zhuǎn)到網(wǎng)頁，寶藏出現(xiàn)！??！。

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潛在寶藏&分子信息預(yù)測



通過上面的界面，大家可以一目了然的看到所謂的“寶藏”，即分子信息的預(yù)測。且不僅僅局限于上圖中的“類藥性、可合成性、溶解度、LogP、hERG”，將收藏的結(jié)構(gòu)進一步點擊打開，還會有更為詳細的分子信息預(yù)測。具體如結(jié)構(gòu)性質(zhì)方面的類藥性、可合成性、氫鍵受體數(shù)目、氫鍵供體數(shù)目、極性分子表面積；理化性質(zhì)方面的溶解度、logP；DMPK性質(zhì)方面的Caco-2腸滲透性、生物利用度、血漿蛋白結(jié)合率、血腦屏蔽穿透率、PGP底物、CYP450抑制；毒性方面的hERG，等等。這些信息的反饋，對于藥學(xué)領(lǐng)域研究人員來說，極為珍貴！對于結(jié)構(gòu)的理解，幫助極大！


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StoneMIND Collector給出的分子結(jié)構(gòu)預(yù)測



綜上，就是這個軟件當前的使用體驗，話不多說，現(xiàn)總結(jié)如下：




? 免費

? 安裝方便，格式較小，兼容性好

? 界面簡單友好

? 圖片結(jié)構(gòu)識別快速

? 可進行IUPAC（標準化學(xué)名稱）識別

? 抓取的結(jié)構(gòu)可進行編輯

? 可輸出sdf/mol/smiles格式文件

? 收藏+歷史記錄

? 分子特性預(yù)測

? 多結(jié)構(gòu)同時抓取


Windows & Mac版軟件獲取方式


Collector由國內(nèi)AI制藥公司北京望石智慧科技有限公司開發(fā)，以下信息從官方摘抄


下載地址（復(fù)制至PC端瀏覽器打開，點擊下載客戶端即可）

https://stonewise.cn/mol_product?channel=9


注意：部分用戶可能會遇到軟件包的下載安裝操作被自動攔截，這受限于您的電腦安全設(shè)置策略，請手動允許其下載和安裝，該軟件安全無毒，請放心使用。


溫馨提示


1.在Collector客戶端點擊左側(cè)導(dǎo)航欄圖標，即可觀看產(chǎn)品使用視頻。

2.打開望石智慧官網(wǎng)www.stonewise.cn，點擊產(chǎn)品介紹下的StoneMIND Collector, 有該產(chǎn)品的詳細介紹和使用視頻。

3.任何產(chǎn)品使用問題或建議可直接聯(lián)系Collector微信客服，請掃下方二維碼添加微信或工作日9：00-18：00撥打手機號15711471378(微信同號）。


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