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JACS:Cihunamide B的阻轉選擇性全合成

來源:化學加原創(chuàng)      2024-04-01
導讀:近日,香港科技大學Hugh Nakamura課題組報道了一種簡潔的、阻轉選擇性的合成Cihunamide B(1)的方法。該全合成以L-色氨酸衍生物的克級SNAr反應為開始,然后是阻轉選擇性Larock大環(huán)化反應,實現(xiàn)了前所未有的阻轉異構體(atropisomerism)的Trp-Trp交聯(lián)(Trp-Trp cross-linkage)。通過實驗和計算化學的結合,作者研究了這種Larock大環(huán)化的阻轉選擇性,對二芳基鍵的合成產(chǎn)生了詳細的見解。文章鏈接DOI:10.1021/jacs.3c11016.

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

正文

具有阻轉異構體骨架的分子廣泛存在于人工催化劑、天然產(chǎn)物和藥物中。近年來,化學家們開發(fā)了一系列阻轉異構體的選擇性合成方法。最近,Kim和Oh等人從韓國濟州島附近的深海海洋沉積物中分離出一種環(huán)狀肽,即Cihunamide B(1)。在結構上,它具有前所未有的結構,在由四個天然氨基酸單元組成的高張力的稠合大環(huán)肽內(nèi)具有阻轉異構體Trp-Trp交聯(lián)(Figure 1)。通過電子圓二色性(ECD)光譜和DFT計算確定了Cihunamides的阻轉異構構型。在生物活性方面,它對革蘭氏陽性病原體表現(xiàn)出抗菌活性,使其成為潛在的藥物發(fā)現(xiàn)抗生素種子化合物。然而,由于僅從自然界中分離出1.2 mg的Cihunamide B(1),其參與生物活性研究的機制細節(jié)尚不清楚。1的生物合成途徑涉及CYP450催化的兩種色氨酸之間的C?N鍵的氧化形成。下載化學加APP到你手機,收獲更多商業(yè)合作機會。

近年來,化學家們已報道了一系列具有抗菌活性的環(huán)狀肽的全合成。2022年,Sarlah和Baran課題組分別報道了Darobactin A的全合成,這是一種雙環(huán)肽,其特征是兩個色氨酸殘基之間存在前所未有的連接,每個殘基都具有阻轉異構體的特性。最近,Baran課題組還報道了Dynobactin A的首次全合成,這是另一種雙環(huán)肽天然產(chǎn)物,對類似于Darobactin A的革蘭氏陰性病原體表現(xiàn)出強大的抗菌活性。此外,環(huán)狀肽內(nèi)的二芳基鍵充當芳香族化合物之間的鍵,產(chǎn)生異常堅固的鍵,其穩(wěn)定性和剛性超過傳統(tǒng)環(huán)狀肽,從而有助于保持其立體結構。同時,具有二芳基連接的環(huán)狀肽表現(xiàn)出廣泛的顯著生物活性。然而,盡管Cihunamide B(1)具有結構和生物活性的吸引力,但該化合物的合成方法尚未報道。近日,香港科技大學Hugh Nakamura課題組報道了一種簡短與阻轉選擇性合成Cihunamide B(1)的方法。

首先,作者進行了相關的逆合成分析(Figure 1)。以廉價易得的砌塊L-色氨酸衍生物2、1-溴-3-氟-2-硝基苯3、L-異亮氨酸衍生物4、L-天冬氨酸衍生物5和炔烴衍生物6作為起始底物。通過3與色氨酸衍生物2的SNAr反應引入芳環(huán),然后用6的炔烴單元進行分子內(nèi)Larock吲哚合成,從而合成前所未有的獨特的atrop-C?N鍵。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

Cihunamide B(1)的全合成如下(Scheme 1):以1-溴-3-氟-2-硝基苯3N-Boc-色氨酸衍生物2為初始底物,在NaOH/DMSO條件下進行SNAr反應,可以定量的收率得到中間體7。值得注意的是,SNAr反應在40 g的規(guī)模上進行,并且在沒有任何副反應(例如外消旋化)的情況下,同樣可以定量的收率得到中間體7。同時,游離的羧酸對于防止外消旋化是重要的。中間體7L-異亮氨酸衍生物4在SOCl2/MeOH/HATU/DIPEA條件下分別進行脫Boc保護、甲基酯化反應與酰胺偶聯(lián)反應,可以88%的收率得到中間體8。中間體8L-天冬氨酸衍生物5在SOCl2/MeOH/HATU/DIPEA條件下分別進行脫Boc保護與酰胺偶聯(lián)反應,可以89%的收率得到中間體9。中間體9與炔烴衍生物6(含有體積更大的TES基團)在4M HCl/DCM/HATU/DIPEA條件下進行脫Boc保護與酰胺偶聯(lián)反應,可以89%的收率得到中間體10。中間體10在Fe/NH4Cl條件下進行還原反應,可以兩步43%的收率得到環(huán)化前體11。

通過對環(huán)化前體11的Larock大環(huán)化反應的條件篩選后發(fā)現(xiàn)(Figure 2A),當以Pd(OAc)2(1.0 equiv)作為催化劑,tBu3P·HBF4(2.0 equiv)作為配體,DIPEA(10.0 equiv)作為堿,在甲苯溶劑中110 oC反應12 h,可以68%的收率得到具有atro-Trp-Trp鍵的高度張力的環(huán)肽14。值得注意的是,該環(huán)化過程具有完美的阻轉選擇性。首先,在環(huán)化前體11的Larock大環(huán)化中,Pd與Ar?Br鍵發(fā)生氧化加成,生成中間體12。然后,中間體12進行區(qū)域選擇性遷移插入到相鄰的三鍵上,避開TES基團,獲得具有所需的atrop-Trp-Trp鍵的環(huán)肽14。同時,通過1H NMR實驗發(fā)現(xiàn),環(huán)肽14中的atrop-C?N鍵在熱力學上是穩(wěn)定的。此外,作者還通過相關的DFT計算對Larock大環(huán)化的阻轉選擇性進行了研究(Figure 2B)。計算結果表明,中間體12具有壓倒性的穩(wěn)定性。同時,由于炔烴和苯胺部分的手性相對排列,而不是簡單的空間避免,12而不是13的形成導致具有較小張力的環(huán)。

隨后,中間體14在Pd/C/H2條件下進行氫化反應,并在NH4Cl/HATU/DIPEA/DMF條件下進行酰胺化反應,可以兩步58%的收率得到受保護的Cihunamide 17。受保護的Cihunamide 17在LiOH/THF/H2O/MeOH條件下進行酯的水解反應,并在TFA/DCM條件下進行Boc和TES的脫保護,可以77%的收率得到Cihunamide B(1)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

總結

香港科技大學Hugh Nakamura課題組首次報道了一種抗菌Cihunamide B1)的全合成。這項工作的特點是:(1)利用廉價的試劑N-Boc-L-色氨酸21--3--2-硝基苯3為原料,在10克級規(guī)模實驗中通過SNAr反應形成所需的C?N鍵;(2)通過阻轉選擇性Larock大環(huán)化合成高度張力的環(huán)肽,可在3.6克規(guī)模上成功合成受保護的Cihunamide 17。此外,這種合成途徑消除了對專用設備或試劑的需要,使得能夠使用經(jīng)濟的起始原料和易獲得的試劑大規(guī)模合成受保護的Cihunamide 17。這一發(fā)展預計將對生物學研究和相關學科產(chǎn)生深遠影響。

文獻詳情:

Longhui Yu, Yuuya Nagata, Hugh Nakamura*. Atroposelective Total Synthesis of Cihunamide B. J. Am. Chem. Soc. 2024, https://doi.org/10.1021/jacs.3c11016

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